災後產生大量廢棄物與環境衛生問題，如死亡虱目魚、堆積落果、損毀光電板、傾倒路樹等。已請農業部、經濟部與地方政府加強聯繫，加快清運工作，並由環境部統籌各地資源支援清理作業。同時，針對高溫積水易孳生病媒蚊的地區，也請環境部執行環境消毒與孳生源清除，衛福部持續監測登革熱疫情，守護⺠眾健康。
